W roku 1583 przyjął święcenia kapłańskie i rozpoczął pracę duszpasterską. Najpierw jako sekretarz u boku biskupa Kacpra de la Figuera, potem jako kanonik Kapituły w Urgel, proboszcz i domownik biskupa Andrzeja Capilla. Kapłaństwo diecezjalne nie spełniało jednak jego oczekiwań. Intuicyjnie szukał nadal.
Po obronieniu doktoratu z teologii wyruszył w 1592 roku do Rzymu. Celem było zdobycie beneficjum kościelnego. Stało się jednak coś, czego się nie spodziewał… W Wiecznym Mieście diametralnie zmienia swoje plany. Powodem było osobiste, wewnętrzne doświadczenie, u którego źródeł leżała wrażliwość serca i otwarcie na tchnienie Ducha Świętego. Wędrując ubogą dzielnicą Zatybrza miał okazję zetknąć się z smutnym losem dzieci pozbawionych możliwości uczenia się, zepchniętych na margines społeczeństwa. Ich analfabetyzm determinował dalsze życie – pozbawione perspektyw, skazane na uległość złu, nieustanne szukanie pracy, życie zredukowane do najniższych posług. Zdecydował, że nie wraca do Hiszpanii. Postanowił się nimi zająć.